Le traitement des formes non compliquées est simple et comporte à chacun des changes une désinfection bactérienne par un antiseptique à base de chlorhexidine par exemple suivie d’un séchage soigneux puis de l’application d’une crème ou d’un lait antifungique associée à un traitement antifungique per os uniquement en cas de muguet ou de diarrhée.
La thérapie antifungique est née avec la nystatine, isolée d'un streptomices du sol, point de départ de 60 autres produits, agissant sur les affections à levure et à champignons.
La candidose peut être traitée efficacement avec un antifungique sous forme de gargarisme ou d’ovules à sucer (nystatine).