Étant donné que la pollution marine atteint habituellement surtout des milieux marins côtiers assez localisés, il suffit dans la plupart des cas d'étudier les communautés benthiques du littoral, c'est-à-dire de la zone euphotique.
Au dessous de la couche euphotique, la matière organique est reminéralisée par l’activité bactérienne.
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