Notons que les ambiguïtés causées par la liaison vont parfois jusqu’à constituer des suites totalement homophones (il est ouvert / il est tout vert).
Les mots Baule /bol/ et bol /bɔl/, fée /fe/ et fait /fɛ/ sont homophones en Normandie.
On appelle enharmonie la différence entre un mi dièse et un fa naturel et entre un si dièse et un do naturel lorsque le système tempéré, en rendant égaux les semi-tons, a ôté ces différences et donc rendu homophones les deux notes.
Le principe de substitution connaît de multiples variantes. Il est tout d’abord possible d’associer à chaque lettre un choix de plusieurs symboles, appelés homophones. De nombreux textes chiffrés, même anciens, n’hésitent pas à utiliser comme alphabet des groupes de deux chiffres, surmontés éventuellement de barres et de symboles de ponctuation divers.