Elle a permis l'identification de plusieurs gènes dans le passé, mais son caractère systématique la rend souvent extrêmement lourde, surtout si la zone à analyser est grande, de l'ordre du mégabase ou plus.
L’article de Burke, Carle et Olson en 1987 fit l’effet d'une bombe: cloner 500 kilobases et même une mégabase d'ADN humain dans la levure, c’était réellement un résultat révolutionnaire, […].