La même protection fongicide employée dans la lutte contre le mildiou est en général efficace contre l’alternariose. À l’heure actuelle, on emploie surtout des dithiocarbamates, du zinèbe, du manèbe, du captafol, du chlorothalonil et du triphenyl-tin-hydroxyde.
{{exemple | lang=fr | Deux mildious sont susceptibles de produire des lésions brunes sur les fruits de tomate. Tout d'abord, le mildiou classique de cette solanacée, dû à P. infestans et qualifié aussi de « mildiou aérien » car il s’attaque à toutes les parties aériennes de cette plante </i>[…]<i>
L’azoxystrobine possède un large spectre sur les champignons pathogènes de la vigne : le mildiou, l’oïdium, le black-rot, le rougeot parasitaire, l’excoriose. Une efficacité secondaire sur la pourriture grise (Botrytis cinerea) a été observée.