La doctrine des germes préexistans régnait à ce moment presque sans partage. Comment concilier les faits nouveaux avec cette théorie ? Bonnet consacra à la solution de ce problème de longues méditations qui aboutirent à une exagération nouvelle, à la panspermie, théorie bizarre qui admet l’existence constante et la diffusion universelle de germes partout présens et toujours prêts à se développer.
L’idée de la panspermie fit son apparition dès le début du siècle avant notre ère avec le philosophe grec Anaxagore (c. –510-c. –428), mais elle n’acquit vraiment le statut d’une hypothèse scientifique qu’avec les travaux du chimiste suédois Svante Arrhenius (1859-1927), au début du siècle.